国の規制改革の推進と地域経済の活性化などのため、特定の地域にだけ全国一律の規制とは違う制度を認める仕組みのこと。具体的には、1) 全国一律の規制を緩和、2) 地方自治体や民間事業者等の自発的な立案により各地域の特性に応じた特例的な規制を適用、3) 産業・研究機関の集積を積極的に進めることが認められた地域、などを指す。教育、農業、社会福祉などの分野における構造改革を推進し、地域の活性化を図り、国民経済を発展させることを目的とした構造改革特別区域法（2002年公布）に基づく。構造改革特区での成功事例が全国的な構造改革へと波及し、経済の活性化が実現すること、そして、地域での産業の集積や新規産業の創出が促進され、地域経済の活性化にもつながることが期待されている。地方自治体や民間事業者等は、特区での規制の特例について提案をすることができ、規制の特例措置として認められれば、地方自治体は「構造改革特別域計画」を作成し、内閣総理大臣の認定を受け、特区導入が可能となる。環境分野では、神奈川県・川崎市の国際環境特区、青森県の環境・エネルギー特区、兵庫県市島町の環境保全型農業等推進特区などがある。2007年７月末までに誕生した特区の累計は963件（特例の全国展開等により特区計画数は400件）となっている。
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